Powikłania po aborcji farmakologicznej to standard. Mimo że takie rozwiązanie jest już od lat, to nadal pojawia się wiele problemów. Standardowym efektem ubocznym aborcji farmakologicznej jest perforacja macicy i niecałkowita aborcja, która często doprowadza do mocnego krwotoku i infekcji. Dlatego w prawie wszystkich przypadkach po aborcji farmakologicznej obowiązkowe jest udanie się do lekarza celem usunięcia resztki tkanki z macicy.